Ο ναός γιορτάζει δύο φορές τον χρόνο, στις 24 Ιουνίου, ημέρα της γέννησης, και στις 29 Αυγούστου, ημέρα Αποτομής της κεφαλής του Τιμίου Προδρόμου
Ο Μητροπολιτικός Ναός του Αγίου Ιωάννη Προδρόμου (1839) είναι κτισμένος στην κεντρική πλατεία της Παλιάς Ξάνθης πέριξ της οποίας σήμερα τοποθετούνται το Μητροπολιτικό Μέγαρο και η Ματσίνειος Σχολή( το σημερινό 1ο Δημοτικό Σχολείο Ξάνθης). Ο ναός γιορτάζει 2 φορές τον χρόνο, στις 24 Ιουνίου, ημέρα της γέννησης, και στις 29 Αυγούστου, ημέρα Αποτομής της κεφαλής του Τιμίου Προδρόμου.
Η πρώτη μνεία στον ναό γίνεται τον 16ο αιώνα σε μία ενθύμηση του κώδικα 29713 του 11ου αιώνα και βρίσκεται στην Βιβλιοθήκη του Βρετανικού Μουσείου-καταγράφεται δηλαδή εδώ ο ναός ως μητροπολιτικός και αναφέρεται συνάμα ως μονή. Άλλες δύο ενθυμήσεις έρχονται να προστεθούν και να επισημάνουν από κοινού την ύπαρξη ναού αφιερωμένου στην μνήμη του Τιμίου Προδρόμου ήδη στον 16ο αιώνα, ο οποίος λειτούργησε και ως μητροπολιτικός.
Ο σημερινός ναός είναι κτισμένος στη θέση παλαιότερου, ο οποίος καταστράφηκε από πυρκαγιά το έτος 1809, όπως αναφέρει πληροφορία που καταγράφηκε σε επιστολή του Μητροπολίτη Σεραφείμ προς τη Μονή Βατοπεδίου με ημερομηνία 18 Μαΐου 1809.Εδώ αναφέρεται ακόμη πως έχει συσταθεί ερανική επιτροπή και οι βατοπεδινοί μοναχοί καλούνται να ενισχύσουν οικονομικά την προσπάθεια ανοικοδόμησης του ναού.
Ο Μητροπολίτης Σεραφείμ αντιμετώπιζε προβλήματα αναφορικά με την ανέγερση του ναού. Τελικά, ο ναός ανοικοδομήθηκε το έτος 1839 σύμφωνα με μαρτυρίες δύο ενεπίγραφων πλακών, εντοιχισμένων εξωτερικά, στον δυτικό τοίχο και στην εξωτερική πλευρά η δεύτερη, πάνω από την κόγχη του Ιερού Βήματος, αντίστοιχα. Αξιοσημείωτο είναι πως οι σεισμοί του έτους 1829 και η ανάγκη να ανοικοδομηθεί ένας λαμπρός ναός παρακίνησαν τον Μητροπολίτη Ευγένιο στην ανέγερσή του.
H επιτύμβια επιγραφή είναι αφιερωμένη στον Μητροπολίτη Ευγένιο και βρίσκεται στον μητροπολιτικό ναό προς τιμή του σημαντικού αυτού ιεράρχη της Ξάνθης.
